Počeci organizirane pastoralne skrbi za Hrvate katolike na području Stockholma sežu u razdoblje intenzivnijega doseljavanja hrvatskih obitelji u Švedsku tijekom 1960-ih i 1970-ih godina. S porastom broja hrvatskih vjernika rasla je i potreba za redovitim bogoslužjima, slavljenjem sakramenata i pastoralnim radom na hrvatskom jeziku. U suradnji sa Stockholmskom katoličkom biskupijom postupno je organizirana Hrvatska katolička misija Stockholm kao posebna pastoralna ustanova za vjernike hrvatskoga jezičnog područja.
Od samih početaka Misija nije bila samo mjesto slavljenja svete mise, nego i središte okupljanja hrvatskih obitelji, očuvanja vjerskog, kulturnog i nacionalnog identiteta te međusobnog povezivanja hrvatskih iseljenika. Tijekom desetljeća razvijeni su redoviti vjeronauk za djecu i mlade, priprava za sakramente, pastoral obitelji, hodočašća, karitativne aktivnosti i brojni susreti koji su pridonijeli izgradnji snažne hrvatske katoličke zajednice u Švedskoj.
Misiju su kroz njezinu povijest vodili brojni svećenici iz različitih hrvatskih biskupija, koji su svojim pastoralnim radom i predanošću ostavili dubok trag u životu zajednice. Posebno mjesto u novijoj povijesti Misije zauzima mons. Stjepan Biletić, koji je dugi niz godina obnašao službu rektora Hrvatske katoličke misije Stockholm te ujedno bio delegat hrvatske inozemne pastve za Skandinaviju. Njegovo djelovanje obilježili su pastoralna skrb za hrvatske katolike diljem Švedske, razvoj zajedništva među hrvatskim misijama te organizacija brojnih hodočašća, duhovnih obnova i zajedničkih projekata.
Od veljače 2025. godine službu rektora Hrvatske katoličke misije Stockholm obnaša vlč. Josip Marković. Misija nastavlja svoje pastoralno poslanje u duhu zajedništva sa Stockholmskom katoličkom biskupijom, okupljajući hrvatske katolike kroz liturgijski život, katehezu, karitativno djelovanje i očuvanje hrvatske katoličke baštine među novim naraštajima.